在乳制品強制性衛生標準中微生物指標較多，如菌落總數、大腸菌群、致病菌等。從各級政府歷年對乳制品的抽查來看，菌落總數、大腸群超標的現象極為普遍，消費者食用微生物超標嚴重的產品后，很容易患痢疾等腸道疾病，出現腹瀉、嘔吐等，嚴重的可能造成中毒性細菌感染。究其原因還是這些廠家的質量管理不完善。具體表現在生產管理松懈，消毒不嚴或不*，生產設備落后，設備不干凈或存在死角，包裝不嚴密，手工操作較多而導致污染。因此，在產品出廠前嚴格控制微生物指標就顯得尤其重要。